Я, конечно, не знаю, но может она просто высчитывает среднеарифметическое (сначала складывает все значения, а потом делит на количество).

Эту линию не нужно никогда учитывать. Она просто для наглядности. Где то прочитала это здесь в "как читать графики" что ли.

Она проводится не по среднему значению, а ПОВЕРХ последних шести. То есть другими словами, из шести - по самому верхнему, максимальному.

И, да - она никакого значения не имеет, рисуется просто для наглядности, чтобы было понятно, как определилась овуляция. Если, например, поставить овуляцию "по узи" - то никакой средней линии вообще не будет, так как и определять программе ничего не придется.